知网查重编码不同的原因可能源自于不同版本的文献数据库，不同的编码规范，或者文献来源的差异等。在使用知网进行查重时，编码不同可能导致查重结果不准确。为解决这一问题，可以尝试使用统一的文献数据库版本，规范编码格式，或者选择相同来源的文献进行查重。

另外，知网查重编码不同还可能受到文献原文的影响，比如文献的格式、语言等因素。为避免这种情况，建议在进行文献查重前，先对文献进行统一的格式处理，确保文献编码一致。此外，及时更新知网软件版本，也有助于减少查重编码不同的情况发生。