论文查重软件在学术写作中的自动化辅助工具主要包括Turnitin、iThenticate、PlagScan等。这些软件可以帮助作者检测论文中的抄袭和重复内容，提供详细的查重报告和建议。此外，一些软件还提供语法检查、参考文献管理等功能，有效辅助学术写作。

除了常见的查重软件，还有一些文献管理软件如EndNote、Mendeley等，虽然不是专门的查重工具，但也能在学术写作中提供自动化辅助。这些工具可以帮助作者管理文献、生成参考文献、协助写作和整理论文结构，提高写作效率和质量。